Perusahaan Daerah Pasar Makassar Raya berdiri pada tahun 1999 yang ditandai dengan disahkannya Peraturan Daerah Nomor 4 Tahun 1999 tentang Pembentukan PD. Pasar Makassar Raya kota Makassar. Pendirian PD. Pasar ini dilandasi oleh bergulirnya semangat otonomi Daerah pada saat itu yang menuntut pemerintah kota untuk berupaya menggali potensi sumber Pendapatan Asli Daerahnya. Keberadaan Dinas Pengelola Pasar yang saat itu bertugas mengelola pasar tradisional di kota Makassar dianggap kurang sesuai lagi sementara semangat otonomi menuntut daerah optimal dalam menggenjot potensi pendapatannya guna menunjang beban APBD yang semakin meningkat.
Dengan melihat perkembangan pengelolaan pasar tradisional diawal operasional pengelolaan PD. Pasar Makassar Raya hanya mengelola 4 (Empat) Unit pasar. Pemerintah Kota Makassar dan adanya perubahan Peraturan Daerah Nomor 17 Tahun 2002 tentang Perubahan Perda Nomor 4 Tahun 1999 Pemerintah Kota Makassar menyerahkan 9 (Sembilan) unit pasar tradisional kepada PD. Pasar Makassar Raya yang pada saat itu masih dikelola oleh Dinas Pengelolaan Pasar serta di perkuat dengan terbitnya Peraturan Daerah Nomor 9 tahun 2000 Tentang Ketentuan Pokok Badan Pengawas, Direksi dan Kepegawaian Perusahaan Daerah Pasar Makassar Raya Kota Makassar dan Peraturan Daerah Nomor 12 Tahun 2004 Tentang Pengurusan Pasar Dalam Daerah Kota Makassar.
PD. Pasar Makassar Raya adalah salah satu BUMD yang dimiliki oleh Pemerintah Kota Makassar dimana Walikota Makassar bertindak selaku Kuasa Pemegang Mandat (KPM).Yang bertanggung jawab dalam pengelolaan perusahaan adalah Direksi Perusahaan didalam pengawasan Badan Pengawas Perusahaan yang ditunjuk Walikota (Owner) dan pembinaan Bagian Ekonomi Pembangunan Pemerintah Kota Makassar. Adapun Struktur Organisasi dan Tata Kerja Perusahaan diatur bedasarkan pada Peraturan Walikota Makassar Nomor 12 Tahun 2006 tanggal 27 Maret 2006 tentang Perubahan Susunan Organisasi dan Tata Kerja Perusahaan Daerah Pasar Makassar Raya Kota Makassar.